Está constituido por ocho miembros elegidos por la Asamblea General Ordinaria de Asociados, dentro de los cuales se designa a un Presidente. Para ser nombrado miembro del Consejo Directivo es requisito ser asociado hábil de SEPIA y tener una destacada y reconocida labor en el campo de la investigación agraria. Los miembros del Consejo Directivo serán renovados por mitades cada dos años, debiendo durar el cargo de cada uno de ellos cuatro años.
